Erstmalig erwähnt wurde sie in der Stiftungsurkunde des Bistums Brandenburg (948) als „civitas ezeri“. Damals erhielt sie der Bischof von Brandenburg als Grundbesitz. Nach dem Slawenaufstand von 983 ging die Feste verloren. Erst nach 1150 konnte Markgraf Albrecht der Bär die verlorenen Gebiete und somit auch Ziesar wieder in seinen Besitz bringen. Die Burg Ziesar wurde Nebenresidenz der Bischöfe von Brandenburg. Ab 1213 ließ Bischof Balduin die Burg in Backsteinbauweise umbauen. Unter Bischof Ludwig Schenk von Reindorf wurde die Burg Ziesar nach 1327 Residenz der Bischöfe von Brandenburg und Verwaltungszentrum für das Bistum Brandenburg. Den bis heute bedeutendsten Umbau der Burg führte allerdings erst Bischof Dietrich IV. von Stechow (1459–1472) durch. In seiner Herrschaftszeit entstand die Burgkapelle (geweiht 1470), ferner wurden die Wohngebäude zu schlossartigen Bauwerken umgebaut. Um 1535 ließ Bischof Matthias von Jagow dem Bergfried als Zeichen der kirchlichen Nutzung der Burg die sogenannte Bischofsmütze aufsetzen.